Bei der Mikrobiologischen Therapie werden dem Patienten lebende oder abgetötete Mikroorganismen (meist Bakterien) verabreicht. Dabei soll überwiegend die Darmflora saniert und das Immunsystem moduliert werden. Das Immunsystem modulieren heißt, dass ein zu schwaches Immunsystem angeregt und ein überschießendes Immunsystem (Autoimmunerkrankungen) gebremst wird.
Über die ganze Oberfläche des Darmes (300 Quadratmeter) und auf seiner ganzen Länge (fast 7 Meter) sind Zellen des Immunsystems, Lymphknoten und Peyer`sche Plaques verteilt. Der Darm ist somit unser größtes Immunorgan. Eine weitere Besonderheit des Darmes ist, dass zur Regulation der Darmfunktion sehr viele Nervenzellen im Bereich des Darmes aktiv sind.
Es ist die größte Ansammlung von Nervenzellen außerhalb des zentralen Nervensystems (Gehirn und Rückenmark). Manche sprechen in diesem Zusammenhang vom „Darmhirn“. Der gesamte Magen-Darm-Trakt (Intestinaltrakt) ist mit einer Vielzahl von wichtigen Bakterien besiedelt. Diese Darmflora hat etliche wichtige Aufgaben im Darm unter anderem die Immunabwehr und viele verschiedene Stoffwechselaktivitäten.
Bei der mikrobiologischen Therapie geht man davon aus, dass eine optimale Zusammensetzung der Darmflora sich harmonisierend auf das Immunsystem des Darmes (welches das größte Immunsystem des Körpers ist) und dieses sich dann wiederum modulierend auf das ganze Immunsystem auswirkt. Das Immunsystem steht mit seinen verschiedenen Teilbereichen und auch mit anderen Systemen (z. B. Nervensystem, Hormonsystem) in engem Kontakt. Der Informationsaustausch erfolgt über Botenstoffe, Nervensignale und Hormone.
Die Medikamente der mikrobiologischen Therapie enthalten meistens Bakterien, die natürlicherweise im Darm vorkommen, z. B. Enterokokken und Bifidobakterien.
Die Anwendungsgebiete sind unter anderem: Allergien, Autoimmunerkrankungen (z. B. Multiple Sklerose, Morbus Chron), Abwehrschwäche, Darmpilze nach Antibiotikatherapie und Ekzeme.
Als Sonderform der mikrobiologischen Therapie werden auch sogenannte Autovakzine eingesetzt. Die Autovakzine werden aus Körpersekreten des Patienten gewonnen und ihm wieder eingespritzt. Dies soll die Interleukin- und Interferonbildung anregen. Interleukine sind Botenstoffe des Immunsystems, mit denen der Informationsaustausch zwischen den Abwehrzellen gewährleistet wird. Interferon ist ein Protein, das eine stimulierende Wirkung auf das Immunsystem hat. Zudem wirkt Interferon auch gegen Viren und Krebszellen.
Bewertung aus christlich-biblischer Sicht auf mögliche esoterische, magische oder okkulte Belastungen
Bei dieser Methode ist kein esoterisches Gedankengut zu finden. Gelegentlich können, je nach Anschauung des Therapeuten, esoterische Ansichten und Einflüsse hinzukommen.